1 августа 1850 года российским мореплавателем Геннадием Невельским в ходе Амурской экспедиции (1849–1855) основано военно-административное поселение Николаевский пост. В 1856 году была создана Приморская область и 14 ноября Николаевский пост преобразован в город, получив свое современное название — Николаевск. Одновременно Николаевску были приданы права административного центра Приморской области и главного порта на Дальнем Восток. В 1926 году город переименован в Николаевск-на-Амуре.

Период навигации в порту с мая по ноябрь. Имеется семь причалов общей протяженностью 752 метра. Максимальные габариты судов, заходящих в порт (осадка, длина, ширина) — 4,5/140/18 м.

На территории Николаевского-на-Амуре морского порта деятельность по погрузке-выгрузке сухогрузных судов, пассажирским перевозкам и ремонтной деятельности осуществляют: ОАО «Николаевский-на-Амуре морской порт» и «Николаевская-на-Амуре ремонтно-эксплуатационная база флота». В порту перерабатываются генеральные, лесные, минерально-строительные грузы, уголь, контейнеры. Осуществляются пассажирские перевозки по реке Амур.