Уфимский речной порт осуществляет речные грузоперевозки строительных материалов, щебня, песка и разных конструкций. Осуществляет не только речные но и морские перевозки, перевалку грузов. Также оказывает услуги складского хранения. Проводит судоремонт.

Речной транспорт (внутренний водный транспорт) выполняет перевозки грузов и пассажиров судами, как по естественным (реки, озёра), так и по искусственным (каналы, водохранилища). Одно из бывших крупнейших предприятий речной отрасли в Уфе — Башкирское речное пароходство. Летом на реках Белой и Уфе работают уфимские паромные переправы.