Морской порт Онега расположен в устье реки Онега, в 7 км. От Онежской губы Белого моря, напротив устья реки Поньга. Навигация в порту длится с мая по январь, в остальное время порт недоступен для судов, однако возможна ледокольная проводка по заявке. К причалам порта ведут подходные каналы и фарватеры протяженностью 12 миль. В Онежском морском порту 7 причалов, общая длина причальной линии около 900 метров. На территории порта Онега работают 4 стивидорные компании. В г. Онега функционирует ОАО «Онежский ЛДК», который переваливает лесные грузы на экспорт. Архангельский филиал ФГУП «Росморпорт» осуществляет местные пассажирские перевозки и выгрузку генеральных грузов местного назначения.