Магаданский морской порт относится к группе портов, обеспечивающих перевалку, в основном, каботажных грузов «северного завоза», поступающих морским транспортом в регион.

Морской транспорт имеет важнейшее значение в транспортной схеме доставки и отправления грузов в область и за её пределы. Около 99% грузов на этих направлениях перевозятся морским транспортом, в том числе 100 % твердого, жидкого топлива, тяжёлой техники и строительных материалов.
Магаданский морской торговый порт — крупнейший на Северо-Востоке России порт, работает круглогодично (с ноября по май осуществляется ледовая проводка). Основной грузопоток порта состоит из топлива и иных грузов для нужд Магадана.

12 портальных кранов, 2 причальных контейнерных перегружателя, универсальные погрузчики, краны на автомобильном и гусеничном ходу, портовые тягачи, роллтрейлеры, перегрузочные и транспортные механизмы.