Предприятие является коммерческой организацией, единственным учредителем которого является Республика Крым.
Предприятие находится в ведении Министерства транспорта Республики Крым, на которое возложены функции уполномоченного органа.
В своей деятельности предприятие руководствуется законами и иными нормативными актами Российской Федерации и Республики Крым, а также Уставом предприятия.
Предприятие самостоятельно осуществляет сотрудничество с другими организациями морского, автомобильного, железнодорожного транспорта и с другими субъектами предпринимательской деятельности.
Предприятие создано с целью:
организации и обеспечения безопасности мореплавания в морских портах и на подходах к ним;
организации и осуществления перевозок пассажиров, автотранспорта, грузов морским транспортом, вспомогательной и дополнительной транспортной деятельности;
организации наиболее эффективного использования имущества морских портов Республики Крым, находящихся в полном хозяйственном ведении Предприятия;
проведения единой технической и инвестиционной политики, обеспечивающей комплексное развитие морского транспорта, устойчивую и безопасную работу всех технических средств;
проведения эффективной экономической политики и коммерческой деятельности, создание многопрофильной системы прочих видов деятельности, экспедиторских и других услуг, повышающих рентабельность работы и конкурентоспособность морского транспорта;
получения прибыли.
Предприятие имеет филиалы:
«Керченский торговый порт»
«Керченский рыбный порт»
«Феодосийский торговый порт»
«Ялтинский торговый порт»
«Евпаторийский торговый порт»
«Керченская паромная переправа»
«Госгидрография»
«Порт-Терминал»