13 февраля 1933 года были начаты работы по устройству первой портовой площадке в бухте Нагаева, и 6 декабря 1933 года к вступившему в строй 12-метровому деревянному ряжу под выгрузку стал первый пароход «Уэлен». Эта дата и стала днем рождения порта. Одновременно велось строительство поселка Магадан. 4 июня 1934 года к первому причалу пришвартовался первый пароход.
3 декабря 1953 года образована Магаданская область с центром в городе Магадане. Этот громадный (площадь 1 млн.184 кв.км) и богатейший край стал плацдармом освоения северо-востока нашей страны, а порт — его ключевым стратегическим пунктом.
Сегодня через морской порт осуществляется основная транспортная связь Магадана и центральных районов Колымы с морскими портами Дальнего Востока и соседних государств Тихоокеанского региона. Морской порт Магадан расположен на стыке двух транспортных магистралей-морского транспортного пути и Колымской трассы протяженностью 2021 км.
В порту имеется 13 причалов, из которых 3 для перевалки нефтепродуктов, 2 для перевалки контейнеров, и 8 для перевалки других грузов.
Грузооборот морского порта Магадан в 2017 году составил — 1,4 млн тонн.
