В 1911 году в устье Колымы вошел пароход с одноимённым названием, который положил начало грузоперевозкам на северной реке. В 1960 году был срублен первый причал. И Зеленомысский морской порт начал бурно развиваться. Значительный объем грузов шел на Чукотку, для мощного промышленного объединения «Северовостокзолото», строящейся атомной электростанции. В лучшие годы в порту «Зеленый мыс» ежегодно перерабатывалось более 600 тысяч тонн грузов, следовавших на Чукотку, в Магадан, Сеймчан, Колымо-Индигирскую группу улусов.
В 1966 году, в связи с началом строительства атомной электростанции, был заложен бетонный пирс. К 1982 году перерабатывающая мощность порта достигла 500 тысяч тонн грузов.
В 2011 году распоряжением Правительства Российской Федерации от 18.08.2011 № 1458-р в целях оптимизации структуры морских портов акватория морского порта Зеленый Мыс была включена в границы акватории морского порта Тикси в связи нецелесообразностью создания в порту Зеленый Мыс отдельной администрации морского порта.
Сюда и сейчас причаливают теплоходы из Владивостока, Находки, Санкт-Петербурга, Мурманска и других портов. Своего транспортного флота порт не имеет, есть только рейдовый. Но портовики не считают себя речниками, ведь работают они на побережье Северного океана. Разумеется, в настоящее время объемы работ значительно снизились. Сегодня порт обслуживает грузополучателей в бассейне реки Колыма. Он работает сезонно: морская навигация начинается в начале июля и заканчивается в первых числах октября.
Грузооборот порта в настоящее время составляет несколько десятков тысяч тонн в год (нефтепродукты, генеральные грузы). Большие надежды зеленомысцы связывают с реализацией проектов по возрождению Северного морского пути.
Основная сфера деятельности порта «Зеленый мыс»:
- Транспортная обработка различных грузов;
- Прием и перевалка грузов;
- Речные перевозки;
- Складирование и хранение.
В Зеленомысском речном порту осуществляется обработка судов, приходящих на Колыму по Северному морскому пути из Архангельска. Осуществляется отгрузка каменного угля на Индигирку и в Чаунский район Чукотки.